Ich habe mit den Browser-Werkzeugen mal gesucht: Anscheinend liegt es daran, daß die Klasse .menu-accel bei den Lesezeichen standardmäßig nicht mehr angezeigt wird. Wenn ich mir die per CSS wieder einblende, kriege ich zumindest eine der beiden Zahlen wieder dahin, wo sie vorher war...
In deinem Code von hier steht in Zeile 81 order: 1; Pfeil hinter dem "Wert" der Links; der Kommentar sollte (aus)kommentiert sein, das zum Einen.
.menu-accel sollte generell nicht nötig sein, vermute ich mal, .countClass1 bzw. .countClass2 alleine müssten reichen.