Die Installer-Version macht soweit ich informiert bin noch diverse Einträge, die ZIP-Version nicht - es sei denn, Du machst MFB zum Standard-Browser, dann kommen halt noch diverse Einträge für die ganzen File-Extensions mit dazu.
Vorsicht: vor kurzem wurde ein Bug reported, in dem es um die InternetShortcuts geht, also 'ne URL aus der Adressbar z.B. auf den Desktop ziehen und diese dann mit Doppelklick öffnen. Bei dem Kollegen war der zugehörige registry eintrag auf MozillaFirebird gestellt, obwohl dieser gar nicht mehr auf dem System war. Es war leider nicht mehr nachzuvollziehen, warum IE das ganze nicht wieder zurückgesetzt hat! Angeblich war Firebird auch nie als Standardbrowser auf diesem System. Also wenn jemand reproduzierbar diesen Effekt auf seinem System hat, wäre das sehr hilfreich