Vorweg: Sei vorsichtig nicht Java und Javascript in einen Topf zu werfen. Die haben nichts miteinander zu tun.
Ansonsten: Java ist ein Plugin, wird daher unter Plugins im Addons-Manager gelistet. DORT muss es deaktiviert werden. Die Erweiterungen die zu Java gehören kann man getrost ignorieren/deaktivieren/deinstallieren.
Der Punkt "Java (de)aktivieren" im Einstellungsmenü ist schon eine ganze Weile in den Addons-Manager abgewandert.
Ansonsten ist es immer wichtig Plugins aktuell zu halten. Nicht nur Java, auch Flash, Quicktime und sonstwas. Wenn diese Plugins Sicherheitslücken haben, hilft dir auch der sicherste Browser nichts. Noch wichtiger ist es im Grunde dafür zu sorgen, dass die Plugins keine Rechte haben das System zu manipulieren. Daher niemals auf einem Adminstrator-Konto ins Internet gehen.