ok, die user.js datei erlaubt im grunde die abänderung der einstellungen während einer offenen firefox sitzung, unter umständen wird die "plugin.disable_full_page_plugin_for_types" einstellung sofort von firefox überschrieben wenn sie leer ist...
vllt. könntest du es anstelle dieser dateien im default-profil versuchen, die einstellungen auf diesem weg zu setzen: http://kb.mozillazine.org/Locking_preferences (seite ist im moment allerdings down)
dann hast du mittels lockPref die möglichkeit die einstellung so zu setzen, dass keine abänderung mehr möglich ist