Hast du die Einstellungen so gelassen wie sie in Linkification voreingestellt sind? Bei mir funktioniert die Linkerkennung nämlich ohne Probleme.
Mal zum reinen Testen: Aktiviere den "Thorough Mode" in den Einstellungen von Linkification (in den Einstellungen das erste Tab, die 2. Einstellung von oben. "Gründlicher Modus" oder ähnlich. Ich habe die Englische Variante) - es könnte einfach am "schnellen" durchscannen liegen, das zu Gunsten der Geschwindigkeit ungenauer arbeitet.
Wenn es im genauen/gründlichen Modus richtig arbeitet, weißt du woran es liegt, musst aber mit der langsameren Geschwindigkeit leben. Ich habe daher die "Auto-Verlinkung" schon vor längerer Zeit deaktiviert und öffne Textlinks per Doppelklick, da hier auf jeden Fall "gründlich" gesucht wird.
Grüße