Zufällig sehe ich den Epilog von Borsenfeger und gebe deshalb noch kurz den weiteren Stand der Dinge bekannt:
Nachdem ich also die angekündigte Restaurierung durchgeführt habe, ist der lästige Verweis auf die user.js weg. Allerdings auch alle Erweiterungen, was aber wiederum den Vorteil hatte, dass ich nunmehr CTB in neuester Version installiert habe.
Und zudem möchte ich meinerseits in aller Bescheidenheit auf die Beta 5 von Classic Theme Restorer aufmerksam machen.
Mein laienhaftes Fazit: Ob nun auch das autom. Update funktioniert, weiß ich noch nicht. Aber anstatt lange über kleine bis kleinste Probleme zu studieren und zu probieren, bietet sich die Restaurierung bestens an. Geht schnell und macht alles wieder sauber - jedenfalls gefühlt.
Und danke auch für die freundlichen Worte!