Okeay, der Fehler ist behoben, danke für eure Hilfe. Die Lösung war die Import-Funktion - aber nicht, wie beschrieben aus der Datei C:\Dokumente und Einstellungen\User Name\Anwendungsdaten\Mozilla\Firefox\Profiles\default.wct\bookmarks.html sondern ganz simpel aus meiner bookmarks.html. Ich verstehe es auch nicht, aber anscheinend hatte er sie nur nicht angezeigt, dagewesen sind sie aber. Das meinte ich auch mit "die Dateien sind identisch": Wenn ich sie geöffnet habe, standen in beiden Dateien meine kompletten Lesezeichen, nur der Firefox hat sie nicht anzeigt. Vielleicht hilft das ja auch euch anderen weiter.
Gruß!