Dumme Frage vielleicht, aber warum schließt Du Deine Bildschirmboxen überhaupt noch an, wenn Du bereits die Anlage als Wiedergabekomponente nutzt?
Flash steuert nur den Wave-Kanal an - dafür gibt aber es eine einfache technische Lösung:
Mehrfach-Klinke 3,5mm-Modul besorgen. Kostet etwa 5 EUR und ist in jedem Elektronik-Fachmarkt und -Discounter zu finden. Das verbindest Du mit Deinem Wave-Ausgang (grün) an der Soundkarte und kannst dann die Bildschirm-Boxen und Anlage syncron über den Wave-Ausgang laufen lassen.