Der Internet Explorer hat doch eine eingebaute Im- und Export-Funktion:
Datei -> Importieren und Exportieren...
Mir ist gerade allerdings aufgefallen, dass der IE Umlaute in Bookmarks nicht korrekt importiert. (Er ignoriert die Angabe "charset=UTF8")
Für einen automatisierten Abgleich meine ich schonmal irgendein Tool gesehen zu haben. Was genaues fällt mir aber leider nicht mehr ein.