Wenn du sowohl auf die Webseite als auch auf das System einfluss hast, kannst du auch mit etwas Programmierarbeit einen eigenen Protokollhandler definieren.
openexe://http://www.bla./test.exe könnte dann diese exe downloaden und starten.
Beachte aber, dass du wenn du sowas ohne Abfrage machst, dir in jedem Fall die Sicherheitsrisiken klar sein müssen.