Ich hab's jetzt mal mit meinem Linux ausprobiert, nämlich SuSE 9.1.
Hab den Text von dir in KWrite und KMail kopiert, die Umlaute wurden immer korrekt dargestellt.
Hm. Komisch. Ob das an der Distribution oder an den Programmen liegen kann? Sag doch mal eine Beispielseite und ein Beispielprogramm, dann werd ich das genau so mal ausprobieren.