Für Firefox spielt es keine Rolle, ob die Erweiterung deaktiviert oder deinstalliert ist.
Problem gelöst:
In der Datei prefs.js im Profilordner befand sich die Zeile
user_pref("browser.tabs.closeWindowWithLastTab", "false");
Ich kann mich nicht daran erinnern, das hinzugefügt zu haben. Hatte mich aber zwei Sitzungen vor Auftreten des Problems darüber informiert. Richtig ist:
user_pref("browser.tabs.closeWindowWithLastTab", false);
Also einfach die Anführungsstriche entfernt.