key3.db dürfte häufig wesentlich kleiner als signons.sqlite sein. Von der Größe her ist es also wahrscheinlicher, daß signons.sqlite defekt ist. (key3.db ist bei mir nur genau 16kb groß)
Die Sqlite-Datenbank kann z.B. mit dem Add-On Sqlite-Manager geöffnet werden. Damit kann die DB neu gepackt werden (Vacuum) oder die Integrität geprüft werden. Für key3.db gibt es ein derartiges tool meines Wissens aber nicht.