So... ich habe das Problem jetzt gelöst.
Es war der Profil-Ordner. Der normale und der Dev Firefox haben beiden auf das selbe Profil zugegriffen.
Das ist vermutlich beim Domänen-Umzug letztlich passeiet, dass die Ordner vermischt wurden.
Jedenfalls habe ich jetzt beim normalen FF einfach ein neues Profil erstellt in einem anderen Ordner und nun laufen sie beider wieder gleichzeitg.
Danke trotzdem für eure Hilfe!