Ich habe zwar keinen Ersatz für den Cookie Controller aber ein paar Ideen für alternative Lösungen.
Die erste Lösung ist ein wenig umständlich aber effektiv. Wenn Cookies allgemnein deaktiviert sind und sie für eine bestimmte Seite bzw. Domain zugelassen werden sollen kann man den Umweg über die Seiteneigenschaften gehen. Einfach Rechtsklick auf der Seite ausführen und im Kontextmenü "Seiteninformationen anzeigen" auswählen. Es erscheint ein Fenster und dort wechslet man auf den Reiter "Berechtigungen". Hier kann man dann in der Liste die Cookies erlauben, verbieten etc. Das Fenster würde ich offen lassen, um die Cookies einfach wieder zu deaktivieren. Ist ein wenig umständlich aber eventuell könnte man dasfür auch ein Script erstellen, um sich die Klickerei zu ersparen.
Für die zweite Lösung kommt uMatrix zum Einsatz. Hier zunächst die Cookies in Firefox global erlauben. (Ich nutze Firefox standardmäßig im privaten Modus). Nun folgt noch eine kurze Einstellung in uMatrix. Einstellungen aufrufen und unter dem Reiter "Meine Regeln" standardmäßig Cookies blocken. Nun kann man für Seiten mit Hilfe von uMatrix temporär oder auch permanent Cookies für ausgesuchte Seiten erlauben.
Hoffe die Tipps helfen und mal sehen, wann die contentSettings API in Firefox implementiert wird.