Erweiterungs-Symbol einfärben?

Ja, du kannst dies mittels userChrome.css ohne Probleme in deine Wunschfarbe einfärben lassen.

In diesem Falle geht dies folgendermassen:

#brief_mozdev_org-browser-action .toolbarbutton-badge{
  background-color: red !important;
}

Hier sollte dann der Anzahl-Zähler in Rot eingefärbt werden. Selbstverständlich kannst du auch deine eigens gewählte Farbe einsetzen. (bsp als Farbhexwert)

Es könnte auch eine gute Idee sein, dem Entwickler eine Änderung der Farbe vorzuschlagen, denn die Farbe kann vom Entwickler beeinflusst werden und schlechte Lesbarkeit betrifft potentiell ja noch andere Nutzer der Erweiterung.