Moin 
Habe NoScript nicht installiert und kenne mich da leider nicht aus :cry:
Vielleicht hilf Dir das weiter (bei mir auch nicht installiert):
https://addons.mozilla.org/de/firefox/addon/4922
-GA-
Kann man eigentlich bei NoScript gewisse PopUps zulassen (von einer Seite) und andere wieder nicht?
Nein. Mit Handarbeit vielleicht bei Greasemonkey.
Oder dass man einstellen könnte, dass er Java verbietet und Flash erlaubt?
Generell für alle Seiten ja, nicht für spezielle.
Wende dich doch einfach damit an den Autor der Erweiterung.
